Testování vlivu potravinářských látek na izolaci DNA z makrely obecné a rybích produktů

Abstrakt

Authentication of fish products by DNA analysis requires the extraction of high quality DNA without the presence of inhibitors. Many nucleic acid isolation methods are currently available; silicate centrifugal columns have become very popular due to their speed and ease of extraction. However, their disadvantage may be the principle based on DNA charge, which may be affected by food composition, or clogging due to a poor sample pretreatment. The aim of this work was to compare three DNA isolation methods using different principles (silicate centrifugal columns, modified magnetic beads, Cetrimonium bromide and chloroform extraction) and to evaluate their suitability for DNA isolation from fish muscle. The criteria assessed were the recovery, purity and amplifiability of the isolated DNA. Mackerel tissue was analysed without and with the addition of additives commonly used in the manufacture of fish products, namely diphosphates (E 450) and colorants (E 110 and E 124), and the selected method was subsequently applied to commercial fish products. The modified method using the detergent CTAB proved to be the most suitable.

Autentizace rybích výrobků s využitím analýzy DNA vyžaduje zisk kvalitní DNA bez přítomnosti inhibitorů. V současné době jsou dostupné různé metody pro izolaci nukleových kyselin; pro svou rychlost a nenáročnost extrakčního postupu se staly velmi oblíbenými zejména silikátové centrifugační kolonky. Jejich nevýhodou však může být princip využívající záporný náboj DNA, který může být ovlivněn složením potravin, nebo jejich ucpání v důsledku špatné předúpravy vzorků. Cílem této práce bylo porovnat tři metody izolace DNA využívající různé principy (silikátové centrifugační kolonky, modifikované magnetické kuličky, cetyltrimethylamonium-bromid (CTAB) a chloroformová extrakce) a zhodnotit jejich vhodnost pro izolaci DNA z rybí svaloviny. Posuzovanými kritérii byla výtěžnost, čistota a amplifikovatelnost izolované DNA. Analyzována byla tkáň makrely obecné bez a s přídavkem přídatných látek běžně používaných při výrobě rybích produktů, konkrétně difosforečnanů (E 450) a barviv (E 110 a E 124), a následně byla vybraná metoda aplikována i na komerčně nabízené výrobky z ryb. Jako nejvhodnější se ukázala upravená metoda využívající detergent CTAB.