Baeyer, žák Kekulův, působil postupně na průmyslovém institutu v Berlíně, pak na universitách ve Strassburgu a od r. 1875 v Mnichově jako nástupce Liebiga. Jeho obsáhlá vědecká činnost (270 publikací) zahrnovala výzkum aromatických a hydroaromatických sloučenin, polyacetylenů, ftaleinů, peroxidů, indolu, indiga, nitrosolátek a dalších. Baeyer byl mistrem zkumavkových pokusů, pracoval s velmi jednoduchými prostředky; s oblibou používal redukce zinkovým prachem, která mu posloužila i při řešení struktury indiga. Baeyerova záliba v jednoduchých laboratorních zařízeních byla i předmětem anekdot, např. když Baeyer svému návštěvníku předváděl "velkolepou novou aparaturu", zkumavku upevněnou ve stojanu s podstaveným Bunsenovým kahanem. Dokázalo ho rozzlobit, když uviděl na pracovním stole spolupracovníka aparaturu s míchadlem poháněným vodní turbinkou. Naopak paní Baeyerová se vyjádřila, že s tímto zařízením by se dobře připravovala majonéza. Baeyerova manželka Lída (dcera tajného rady Bendemanna) občas svému manželovi předhodila slečnu Barbaru, která měla inspirovat původ názvu kyseliny barbiturové. Podle vyjádření Baeyera, tuto látku, získanou sérií reakcí z kyseliny močové, pojmenoval podle své přítelkyně Barbary, manželce Lídě však tvrdil, že tuto sloučeninu připravil na den sv. Barbory, a odtud název kyselina barbiturová. Baeyer si právem zakládal na dokonale provedených přednáškových experimentech. Stalo se v Mnichově, že Baeyer vstoupil do posluchárny, kde byla k jeho přednášce instalována efektní aparatura. Na otázku, oč půjde, přednáškový pomocník Deigele odpovídá, že bude demonstrovat přípravu chloroformu z ethylalkoholu a chlorového vápna. Když profesor namítl, že tento experiment se ne vždy podaří a že výtěžky chloroformu bývají nevalné, odpověděl Deigele, že v baňce destilačního aparátu je už chloroform hotový.
Baeyer byl velice vtipný, pohotový a galantní. Tak při návštěvě manželů Bambergerových u Baeyerů, se profesor Bamberger pochlubil Baeyerovi ukázkou krásných krystalů jednoho svého produktu výrokem "Das ist der schönste Körper, den ich in meinem Leben gefunden habe". Na to Baeyer "Der schönste Körper, den Sie gefunden haben, ist Ihre Gemahlin".
V Baeyerově rodině byli tři synové a dcera, paní Baeyerová zemřela po 42 letém manželství. Baeyer pracoval až do své osmdesátky a zemřel v 82 letech krátce po nachlazení. Za své zásluhy byl povýšen r. 1885 do šlechtického stavu a r. 1905 získal Nobelovu cenu. Baeyerovi se přičítá autorství "5 G" úspěšného chemika: Geist, Geduld, Genauigkeit, Glück, Geld. V pokročilém věku holohlavý profesor Baeyer nosil stále buřinku, i v laboratoři. Když spolupracovník ohlásil svému profesorovi zajímavou novinku o své práci, Baeyer uctivě smekl svou pokrývku hlavy.