Informace o Cambridgeske databazi organickych a organometalickych sloucenin (CSD)

Jan Fabry

Tato databaze s vice nez 126 000 polozkami, ktere zahrnuji pres 100 000 strukturnich urceni, patri k nejvyznamnejsim svetovym databazim. Rocne pribyva dalsich 10 000 polozek excerpci prakticky ze vsech svetovych casopisu. Aktualizace databaze probiha dvakrat do roka. Data v databazi jsou spolehlivejsi nez v puvodnich casopisech, protoze jsou opravovany chyby a inkonzistence. Obsluzne programy umoznuji interaktivni praci s databazi:
1) dovoluji namalovat na obrazovce molekularni fragment a vyhledat vsechny struktury, ktere tento fragment obsahuji;

2) umoznuji krome poloh atomu ziskat jine krystalograficke udaje, (resp. zadat beh s vyuzitim nekterych krystalografickych udaju): mrizove parametry, prostorovou grupu, pocet vzorcovych jednotek, informace o disorderu. Kazda polozka v databazi obsahuje tez informaci o experimentu (napr. zda struktura byla urcena neutronovou ci rentgenovou difrakci);

3) lze vypocitat meziatomove vzdalenosti a uhly a geometricke charakteristiky molekul statisticky zpracovat;

4) u kazde polozky jsou uvedeny bibliograficke udaje; lze vyhledavat polozky podle jmen autoru, casopisu a jejich rocniku;

5) v databazi lze vyhledavat struktury podle prislusnosti k tzv. chemickym tridam (napr. prirodni produkty, jednoduche alifaticke latky, heterocykly atd.). Mezi prirodnimi latkami lze vyhledat napr. sesquiterpeny, barbituraty atd;

6) soucasti programoveho vybaveni je i graficky program PLUTO, jenz umoznuje zobrazit molekulu ve vhodnem zobrazeni;

7) v databazi lze vyhledat struktury peptidu, ktere obsahuji zadany aminokyselinovy retezec; 8) v soucasnosti je k databazi CSD pripojena tez databaze PDB (proteinova databaze), jez obsahuje 2 542 ruznych primarnich struktur, to znamena, ze lze vyhledavat stejnou informaci jako v predchozim bode;

9) databaze je aktualizovana dvakrat rocne. (Udajne od cervna bude k dispozici uplna verze PDB).

Pravidla uziti databaze CSD:

Databazi CSD pronajala Krystalograficka spolecnost za prostredky udelene Grantovou agenturou Ceske republiky. Krystalograficka spolecnost ma zajem na tom, aby Databaze CSD byla vyuzivana zdejsi (vyhradne) akademickou obci za techto podminek:
1) Pouziti bude vyhradne omezeno na vyzkum s nekomercnim cilem.

2) Pokud prohledavani v Databazi souvisi s praci, jez vyustila v publikaci, autori budou citovat Databazi a podekuji projektu GA CR, ktery umoznil pronajem Databaze. Autori - ve shode s pravidly grantu - budou povinni informovat spravce Databaze o prijeti publikace k tisku a po jejim zverejneni budou povinni zaslat spravci Databaze jeji kopii.

Kontaktni adresa:

Jan Fabry
Fyzikalnim ustavu AV CR
Cukrovarnicka 10
162 00 Praha 6
tel. 243 111 37, e-mail: fabry@fzu.cz

Dalsi informace:
viz http://rachel.uochb.cas.cz nebo http://www-xray.fzu.cz (server Krystalograficke spolecnosti, jenz obsahuje odkazy na dalsi databazove servery v zahranici).